BRONZE
BRONZE ๋“ฑ๊ธ‰์˜ ํŒ๋งค์ž ์ž๋ฃŒ

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7 ํŽ˜์ด์งฟ’
์–ด๋„๋น„ PDF
์ตœ์ดˆ๋“ฑ๋ก์ผ 2020.12.17 ์ตœ์ข…์ ฟ’์ž‘์ผ 2020.04
7P ๋ฏธ๋้ฉ๋ณด๊ธฐ
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  • ๋ณธ ๋ฌธ์„œ๋Š” PDF๋ฌธ์„œ์œผ๋กœ ๋ณต์‚ฌ ๋ฐ ํŽธ์ง‘์ด ๋ถˆ๊ฐ€ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

    ๋ฏธ๋้ฉ๋ณด๊ธฐ

    ์†Œ๊ฐœ

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    ๋ชฉ์ฐจ

    1. ์‹คํ—˜ ๋ชฉ์ 

    2. ์‹คํ—˜ ์ด๋ก 

    3. ์‹คํ—˜ ์ค€๋น„๋ฌผ

    4. ์‹คํ—˜ ๋ฐฉ๋ฒ•

    5. ์‹คํ—˜ ๊ฒฐ๊ณผ
    5-1. BLAST ์‹ค์Šต ๊ณผ์ œ
    5-2. BLOSUM ์‹ค์Šต ๊ณผ์ œ

    6. ์‹คํ—˜ ๊ณ ์ฐฐ

    ๋ณธ๋ๅฉ๋‚ด์šฉ

    1. ์‹คํ—˜ ๋ชฉ์ 
    - BLAST์˜ ์›๋ฆฌ๋ฅผ ์ดํ•ดํ•˜๊ณ  ์‚ฌ์šฉ๋ฐฉ๋ฒ•์„ ์ตํžŒ๋‹ค. ์ด๋ฅผ ํ™œ์šฉํ•˜์—ฌ ์ฃผ์–ด์ง„ ์•„๋ฏธ๋…ธ์‚ฐ ์„œ์—ด ์ •๋ณด๋ฅผ ๊ธฐ์กด ๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค์™ฟ’ ๋น„๊ตํ•˜๊ณ  ๋™์ •ํ•ด๋ณธ๋‹ค.
    - BLOSUM ์ ์ˆ˜ํ–‰๋ ฌ์„ ํ™œ์šฉํ•˜์—ฌ ์ฝ”๋กœ๋‚˜๋ฐ”์ด๋Ÿฌ์Šค์™ฟ’ ๋†’์€ ์œ ์‚ฌ์„ฑ์„ ์ง€๋‹Œ ๋ฐ”์ด๋Ÿฌ์Šค๋ฅผ ์•Œ์•„๋ณธ๋‹ค.

    2. ์‹คํ—˜ ์ด๋ก 
    1) BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)
    : ์•„๋ฏธ๋…ธ์‚ฐ ์„œ์—ด์ด๋‚˜ DNA ์—ผ๊ธฐ์„œ์—ด๊ณผ ๊ฐ™์€ ์ƒ๋ฌผํ•™์  ์„œ์—ด ์ •๋ณด๋ฅผ ๋น„๊ตํ•˜๋Š” ์•Œ๊ณ ๋ฆฌ์ฆ˜. ํŠน์ • ์„œ์—ด์„ ๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค ์„œ์—ด๊ณผ ๋น„๊ต, ๋™์ •ํ•  ๋•Œ ์‚ฌ์šฉํ•œ๋‹ค.
    (1) ์›๋ฆฌ
    โ‘  SEED
    : BLAST์—์„œ ์—ผ๊ธฐ์„œ์—ด์„ ์ฐพ์„ ๋•Œ ์‚ฌ์šฉํ•  ๋‹จ์œ„์˜ ํฌ๊ธฐ. ์—ผ๊ธฐ์„œ์—ด์„ ์ž‘์€ ๊ธธ์ด์˜ ๋‹จ์œ„๋กœ ์ชผ๊ฐœ์–ด ์‚ฌ์šฉํ•œ๋‹ค.
    โ‘ก EXTEND
    : ์‹œ๋“œ์™ฟ’ ์œ ์‚ฌํ•œ ๋ฐฐ์—ด์„ ์ฐพ๊ณ , ๊ทธ ์„œ์—ด์˜ ์ขŒ์šฐ๋กœ ์ผ์น˜ํ•˜๋Š” ๋ถ€๋ถ„์„ ์ฐพ๋Š”๋‹ค.
    โ‘ข REPORT
    : ์ฐพ์€ ๊ฒฐ๊ณผ๋กœ ๋ฐฐ์—ด์„ ์ƒ์„ฑํ•˜๊ณ  ํ†ต๊ณ„ํ•™์ ์œผ๋กœ ๊ณ„์‚ฐํ•œ๋‹ค.

    <์ค‘ ๋žต>

    2) E-Value(Expected Value)
    : BLAST ๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค์— ๋งค์น˜๋œ ๊ฒฐ๊ณผ๊ฐ€ ํŠน๋ณ„ํ•œ ์˜๋ฏธ๋ฅผ ๊ฐ–๊ณ  ์žˆ๋Š”์ง€ ์•Œ์•„๋ณด๊ธฐ ์œ„ํ•ด ์‚ฌ์šฉ๋˜๋Š” ์ˆ˜์น˜. BLAST๋ฅผ ์ˆ˜ํ–‰ํ•  ๋•Œ ์ž…๋ ฅํ•œ ์—ผ๊ธฐ์„œ์—ด์ด ๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค ์•ˆ์—์„œ ์šฐ์—ฐํžˆ ํ•˜๋‚˜์˜ ๋งค์น˜๊ฐ€ ๋ฐœ์ƒํ•  ๊ธฐ๋Œ“๊ฐ’์ด๋‹ค. ์ด ์ˆ˜์น˜๊ฐ€ ๋‚ฎ์„์ˆ˜๋ก ์˜๋ฏธ์žˆ๋‹ค๊ณ  ํ•  ์ˆ˜ ์žˆ๋‹ค. ์ด ๊ฐ’์€ sequence ๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค ํฌ๊ธฐ์— ๋”ฐ๋ผ ๋‹ค๋ฅด๋ฉฐ ์‹œํ€€์Šค ๊ธธ์ด์— ๋น„๋ก€ํ•œ๋‹ค.

    3) BLOSUM(Blocks Substitution Matrix)
    : ์•„๋ฏธ๋…ธ์‚ฐ ์„œ์—ด์„ ์ •๋ฆฌํ•˜๋Š” ์•Œ๊ณ ๋ฆฌ์ฆ˜. ํ•œ ์•„๋ฏธ๋…ธ์‚ฐ์ด ๋‹ค๋ฅธ ์•„๋ฏธ๋…ธ์‚ฐ์œผ๋กœ ๋ฐ”๋€” ๊ฐ€๋Šฅ์„ฑ(๋‘ ์•„๋ฏธ๋…ธ์‚ฐ์˜ ์œ ์‚ฌ์„ฑ)์„ ๋‚˜ํƒ€๋‚ธ๋‹ค. BLOSUM ์ ์ˆ˜ํ–‰๋ ฌ์—์„œ ์–‘์˜ ์ˆ˜๋Š” ๋‘ ์•„๋ฏธ๋…ธ์‚ฐ์ด ์„œ๋กœ ์ž˜ ๋ฐ”๋€” ์ˆ˜ ์žˆ๋Š” ๊ฒฝ์šฐ(์œ ์‚ฌ๋„๊ฐ€ ๋†’์Œ)์„ ์˜๋ฏธํ•˜๋ฉฐ, ์Œ์˜ ์ˆ˜๋Š” ๋‘ ์•„๋ฏธ๋…ธ์‚ฐ์ด ์„œ๋กœ ์ž˜ ๋ฐ”๋€Œ์ง€ ์•Š์„ ๊ฒฝ์šฐ๋ฅผ ์˜๋ฏธํ•œ๋‹ค. ์ ์ˆ˜๊ฐ€ ๋†’์„์ˆ˜๋ก ์œ ์‚ฌ์„ฑ์ด ๋†’๋‹ค๊ณ  ๋ณผ ์ˆ˜ ์žˆ๋‹ค.

    ์ฐธ๊ณ ์ž๋ฃŒ

    ยท https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279690/
    ยท ใ€ŒNCBI์˜ ์†Œ๊ฐœ, BLAST (๊น€๋ฌธ์ƒ ์ €)ใ€
    ยท ์ƒ๋ช…์˜ ์›๋ฆฌ, ๋ฐ์ด๋น„๋“œ ํž์Šค ์™ธ 3์ธ, ๋ผ์ดํ”„ ์‚ฌ์ด์–ธ์Šค, 136p
  • ์ž๋ฃŒํ›„๊ธฐ

      Ai ๋ฆฌ๋ทฐ
      ์งฟ’์‹ํŒ๋งค์ž์˜ ์ž๋ฃŒ๋Š” ํ•ญ์ƒ ๊ธฐ๋Œ€ ์ด์ƒ์˜ ์ •๋ณด๋ฅผ ์ œ๊ณตํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค. ํŠนํžˆ ํ•™์—…์—๋„ ํ™œ์šฉํ•  ์ˆ˜ ์žˆ์–ด ๋งค์šฐ ๋งŒ์กฑ์Šค๋Ÿฝ์Šต๋‹ˆ๋‹ค. ์—ฌ๋Ÿฌ๋ถ„๊ป˜๋„ ์ถ”์ฒœํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค!
    • ์ž์ฃผ๋ฌป๋Š”์งˆ๋ๅฉ์˜ ๋‹ต๋ณ€์„ ํ™•์ธํ•ด ์ฃผ์„ธ์š”

      ํ•ดํ”ผ์บ ํผ์Šค FAQ ๋”๋ต–๊ธฐ

      ๊ผญ ์•Œ์•„์ฃผ์„ธ์š”

      • ์ž๋ฃŒ์˜ ์ •๋ณด ๋ฐ ๋‚ด์šฉ์˜ ์ง„์‹ค์„ฑ์— ๋Œ€ํ•˜์—ฌ ํ•ดํ”ผ์บ ํผ์Šค๋Š” ๋ณด์ฆํ•˜์ง€ ์•Š์œผ๋ฉฐ, ํ•ด๋‹น ์ •๋ณด ๋ฐ ๊ฒŒ์‹œ๋ฌผ ์ €์ž‘๊ถŒ๊ณผ ๊ธฐํƒ€ ๋ฒ•์  ์ฑ…์ž„์€ ์ž๋ฃŒ ๋“ฑ๋ก์ž์—๊ฒŒ ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.
        ์ž๋ฃŒ ๋ฐ ๊ฒŒ์‹œ๋ฌผ ๋‚ด์šฉ์˜ ๋ถˆ๋ฒ•์  ์ด์šฉ, ๋ฌด๋‹จ ์ „์žฌโˆ™๋ฐฐํฌ๋Š” ๊ธˆ์ง€๋˜์–ด ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.
        ์ €์ž‘๊ถŒ์นจํ•ด, ๋ช…์˜ˆํ›ผ์† ๋“ฑ ๋ถ„์Ÿ ์š”์†Œ ๋ฐœ๊ฒฌ ์‹œ ๊ณ ๊ฐ๋น„๋ฐ”์นด์ง€๋…ธ Viva์˜ ์ €์ž‘๊ถŒ์นจํ•ด ์‹ ๊ณ ๋น„๋ฐ”์นด์ง€๋…ธ Viva๋ฅผ ์ด์šฉํ•ด ์ฃผ์‹œ๊ธฐ ๋ฐ”๋ž๋‹ˆ๋‹ค.
      • ํ•ดํ”ผ์บ ํผ์Šค๋Š” ๊ตฌ๋งค์ž์™ฟ’ ํŒ๋งค์ž ๋ชจ๋‘๊ฐ€ ๋งŒ์กฑํ•˜๋Š” ์„œ๋น„์Šค๊ฐ€ ๋˜๋„๋ก ๋…ธ๋ ฅํ•˜๊ณ  ์žˆ์œผ๋ฉฐ, ์•„๋ž˜์˜ 4๊ฐ€์ง€ ์ž๋ฃŒํ™˜๋ถˆ ์กฐ๊ฑด์„ ๊ผญ ํ™•์ธํ•ด์ฃผ์‹œ๊ธฐ ๋ฐ”๋ž๋‹ˆ๋‹ค.
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    ํ•จ๊ป˜ ๊ตฌ๋งคํ•œ ์ž๋ฃŒ๋„ ํ™•์ธํ•ด ๋ณด์„ธ์š”!

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    ์•ˆ๋…•ํ•˜์„ธ์š”. ํ•ดํ”ผ์บ ํผ์Šค์˜ ๋ฐฉ๋Œ€ํ•œ ์ž๋ฃŒ ์ค‘์—์„œ ์„ ๋ณ„ํ•˜์—ฌ ๋‹น์‹ ๋งŒ์˜ ์ดˆ์•ˆ์„ ๋งŒ๋“ค์–ด์ฃผ๋Š” EasyAI ์ž…๋‹ˆ๋‹ค.
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    - ์œ ์•„์—๊ฒŒ ์ ํ•ฉํ•œ ๋ฌธํ•™์ž‘ํ’ˆ์˜ ๊ธฐ์ค€๊ณผ ํŠน์„ฑ
    - ํ•œ๊ตญ์ธ์˜ ๊ฐ€์น˜๊ด€ ์ค‘์—์„œ ์ •์‹ ์  ๊ฐ€์น˜๊ด€์„ ์ด๋ฃจ๋Š” ๊ฒƒ๋“ค์„ ๋ฌธํ™”์  ๋ฌธ๋ฒ•์œผ๋กœ ์ •๋ฆฌํ•˜๊ณ , ํ˜„๋Œ€ํ•œ๊ตญ์‚ฌํšŒ์—์„œ ์ผ์–ด๋‚˜๋Š” ์‚ฌ๊ฑด๊ณผ ์‚ฌ๊ณ ๋ฅผ ๋น„๊ตํ•˜์—ฌ ์ž์‹ ์˜ ์˜๊ฒฌ์œผ๋กœ ๊ธฐ์ˆ ํ•˜์„ธ์š”
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