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소개
SOD1 gene을 분석하고 NCBI, BLAST 등의 툴을 이용하여 SOD1 protein의 3차구조를 모델링하는 과정을 작성하였습니다.
레포트 점수 만점받은 자료입니다
레포트 쓰실 때 도움 되실거에요 :)목차
1. Introduction
1) NCBI를 통해 사용할 수 있는 데이터베이스
2) Gene Mutation
3) SOD1 gene
2. Method
3. Result
1) NCBI
2) Sequence Alignment
3) Protein 3D Modeling
4. Discussion
5. Reference본내용
[1] Introduction
{1} NCBI를 통해 사용할 수 있는 데이터베이스
:NCBI(National Center for Biotechnology Information)에서는 여기저기 산재되어 있는 다양한 database를 한 곳에서 모아 볼 수 있는데 이번 레포트에서는 NCBI에 존재하는 datebase 중 3가지를 간략히 소개하겠다.
-Pubmed :생명과학 관련 다양한 논 data 제공
-SRA: Short Read Archive의 약자로 1,000개 미만의 짧은 가닥의 DNA sequencing에 대한 data를 제공
-dbVar : genomic variant에 대한 정보를 제공.
{2} Gene Mutation
DNA복제의 실수, 이성질화 반응, 탈퓨린 반응, 화학적 돌연변이 유발원 등의 다양한 이유로 유전자의 돌연변이가 일어날 수 있으며 돌연변이는 크게 아래 세종류로 나눌 수 있다.
(1) 염기 돌연변이( Coding region mutation)
-치환 돌연변이 : 원래 염기가 다른 염기로 바뀌는 현상으로 purine끼리, pyrimidine끼리 바뀌는 경우를 Transition, purine이 pyrimidine으로 혹은 그 반대로 바뀌는 경우를 Transversion이라고 한다. 다음과 같은 4가지 경우로 나누어진다.참고자료
· 박선우. BIOLOGY 2nd, 좋은 친구들, 377-389
· Milani P, Gagliardi S, Cova E, Cereda C, ‘SOD1 Transcriptional and Posttranscriptional Regulation and Its Potential Implications in ALS’, Neurology Research International, 2011
· Henry Gee, ‘Inside Lou Gehrig’s disease, Nature, 1999
· Brian Owens, ‘Amyotrophic lateral sclerosis’, Nature 550, 2017태그
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