SDS PAGE

Ⅰ. Object
Animal cell(RAW 264.7)에서 추출된 protein을 SDS-PAGE를 통해 분리하여 size를 확인해본다.

Ⅱ. Introduction
1) SDS-PAGE(SDS-polyacrylamide gel electrophoresis)
protein은 DNA왿� 달리 크기가 작아 한천에 걸러지지 않는다. 따라서 한천 겔 대신 폴리 아크릴아마이드 겔을 이용하는 SDS-PAGE를 통해 분리한다. polyacrylamide gel은 한천에 비해 훨씬 더 촘촘한 다공성 물질로, 분자량이 작거나 크기 차이가 작은 시료들을 분리할 때 사용되며, 5k~2000kDa 정도 되는 protein 분리에 적합하다. 전기영동 시 물질의 이동속도는 물질의 크기, 분자량, 전하량, 모양 등에 영향을 받는다. 단백질은 핵산과 달리 다양한 전하를 띄며, 다양한 형태를 지녀 전기영동 전 몇 가지 처리를 해야 한다. 먼저 protein에 2-메르캅토에탄올(mercaptoethanol)을 처리해 단백질의 이황화 결합을 파괴하여 입체 구조를 변성시켜야 한다. 그 후 단백질을 SDS를 사용해 폴리펩티드를 음전하로 코팅되게 하며, 열처리로 단백질을 풀어준다. 이러한 처리를 모두 거치면, 단백질의 아미노산 조성, 입체 구조 등의 요인은 무시한 채 크기별로 분리할 수 있다. 특히 SDS는 계면활성제의 일종으로 아미노산의 hydrophobic side chain과 hydrophobic interaction을 한다. 아미노산 2개에 SDS 1개가 binding하는 정도의 비율로 결합된다. SDS의 긴 소수성 꼬리가 단백질 골격을 감싸면서 음전하를 띈 꼬리 끝부분이 밖으로 향하게 되어 단백질 전하에 관계없이 (-) 전하를 띄게 해준다. SDS-PAGE는 Disc(discontinuous) gel electrophoresis로 불연속적인 2개의 층(stacking gel, separating gel)으로 만들어진 gel을 통해 전기영동한다