BRONZE
BRONZE ๋“ฑ๊ธ‰์˜ ํŒ๋งค์ž ์ž๋ฃŒ

๊ฒฝํฌ๋Œฟ’ํ•™๊ป“ ์ƒ๋้ฉ์œ ์ „ํ•™์”„ํ—˜ - ๋ฏธ์ƒ๋ฌผ์œ ์ „ํ•™ ์‹คํ—˜ ์ตœ์ข… ๋ณด๊ณ ์„œ(A+๋ณด๊ณ ์„œ)

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38 ํŽ˜์ด์งฟ’
ํ•œ์้œ์˜คํ”ผ์Šค
์ตœ์ดˆ๋“ฑ๋ก์ผ 2022.07.12 ์ตœ์ข…์ ฟ’์ž‘์ผ 2018.06
38P ๋ฏธ๋้ฉ๋ณด๊ธฐ
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  • ๋ฏธ๋้ฉ๋ณด๊ธฐ

    ๋ชฉ์ฐจ

    1. Introduction: molecular analysis of active domains in the Ferritin of Deinococcus geothermalis
    2. Plasmid isolation & PCR (polymerase chain reaction)
    3.DNA purification, Restriction enzyme digestion & Transformation
    4. LB/LA ๋ฐฐ์ง€ ์ œ์กฐ & Streaking(1, 2์ฐจ)
    5. Protein induction, Plasmid prep & DNA electrophoresis
    6. Oxidative stress response & CFU Assay
    7. SDS-PAGE

    ๋ณธ๋ๅฉ๋‚ด์šฉ

    ์ฒ  ์ด์˜จ์€ ์ƒ๋ฌผ์—๊ฒŒ ํ•„์ˆ˜์ ์ธ ์š”์†Œ์ด๋‹ค. ๋‹ค์–‘ํ•œ ์ƒ์ฒด ๋‚ด ํ™œ๋™์— ๊ด€์—ฌํ•˜๋ฉฐ ๊ทธ ๋†๋„์— ๋”ฐ๋ผ ์ƒ๋ช…ํ™œ๋™์„ ๋•๊ธฐ๋„ ํ•˜์ง€๋งŒ ์น˜๋ช…์ ์ธ ๋…์ด ๋˜๊ธฐ๋„ ํ•œ๋‹ค. ๋‹คํ–‰ํžˆ๋„, ๋งŽ์€ ์ƒ๋ฌผ๋“ค์ด ์ฒ  ์ด์˜จ์˜ ๋†๋„ ์กฐ์ ˆ์— ๊ด€์—ฌํ•˜๋Š” ๋‹จ๋ฐฑ์งˆ์ธ Ferritin์„ ๊ฐ€์ง€๊ณ  ์žˆ๋‹ค. Ferritin์€ ์„ธํฌ ๋‚ด ๋‹จ๋ฐฑ์งˆ์ด๋ฉฐ ์ฒ ์„ ์‚ฐํ™”ํ•˜๋Š” ๋ฐฉ์‹์œผ๋กœ ๊ทธ ๋‚ด๋ถ€์— ์ฒ ์„ ์ €์žฅํ•˜๊ฑฐ๋‚˜ ๋ฐฉ์ถœํ•˜์—ฌ ์„ธํฌ ๋‚ด ์ฒ  ์ด์˜จ์˜ ๋†๋„์กฐ์ ˆ์— ๊ด€์—ฌํ•œ๋‹ค.
    ์ด ์‹คํ—˜์—์„œ๋Š” Deinococcus geothermalis ๊ท ์ฃผ์˜ ์œ ์ „์ฒด์— ์กด์žฌํ•˜๋Š” Ferritin์˜ ์œ ์ „์ž์ธ Dgeo_0281์„ PCR SDM(PCR Site-Directed Mutagenesis)์„ ํ†ตํ•ด Ferritin์˜ ferroxidase active center๋ฅผ ์ด๋ฃจ๋Š” ์•„๋ฏธ๋…ธ์‚ฐ๊ณผ ๋Œ€์‘๋˜๋Š” DNA region์˜ sequence๋ฅผ ๋ณ€ํ™”์‹œ์ผœ๋ณด๊ณ , Oxidative stress condition์—์„œ์˜ Ferritin์ด ๋‚˜ํƒ€๋‚ด๋Š” ์ž‘์šฉํŠน์„ฑ์„ ๋ถ„์„ํ•˜๋Š” ์‹คํ—˜์„ ์ˆ˜ํ–‰ํ•˜์˜€๋‹ค. ์ „์ฒด์ ์ธ ์‹คํ—˜์˜ ์ˆœ์„œ๋Š” ๋‹ค์Œ๊ณผ ๊ฐ™๋‹ค.

    2์ฃผ์— ๊ฑธ์ณ ์‹คํ—˜์ด ์ง„ํ–‰๋˜์—ˆ์œผ๋ฉฐ ํŒŒ๋ž€ ๋ฐ•์Šค์˜ ์‹คํ—˜๋“ค์€ ์ฒซ ์ฃผ์—, ๋…ธ๋ž€์ƒ‰ ๋ฐ•์Šค์˜ ์‹คํ—˜๋“ค์€ ๋‘ ๋ฒˆ์งธ ์ฃผ์— ์ง„ํ–‰๋˜์—ˆ๋‹ค. ์ฒซ ์ฃผ ์‹คํ—˜์€ SDM ์‹œํ‚จ Plasmid๋ฅผ E. coli์— ๋„ฃ์–ด ํ˜•์งˆ๋ณ€ํ™˜ ์‹œํ‚จ ํ›„ ๋ฐฐ์–‘ํ•˜๋Š” ๊ฒƒ์ด ์ฃผ๋œ ๊ณผ์ •์ด๋‹ค.
    ๋‘˜์งธ ์ฃผ ์‹คํ—˜์—์„œ๋Š” Ferritin์˜ ์ฒ  ์ €์žฅ ๊ธฐ๋Šฅ์ด Oxidative stress response์™ฟ’๋„ ๊ด€๊ณ„๊ฐ€ ์žˆ์„ ๊ฒƒ์ด๋ผ ์ƒ๊ฐ๋˜์–ด HO condition์—์„œ Ferritin์ด over express๋œ cell๊ณผ ์ผ๋ฐ˜ cell์˜ ๋ฐ˜์‘, ์ƒ์กด๋ ฅ์˜ ์ฐจ์ด๋ฅผ ์‚ดํŽด๋ณด์•˜๋‹ค.

    โฆObjective
    : ๋Œ€์žฅ๊ท ์œผ๋กœ๋ถ€ํ„ฐ ์šฐ๋ฆฌ๊ฐ€ ์›ํ•˜๋Š” Plasmid๋ฅผ ์ •์ œํ•œ๋‹ค. ์ •์ œํ•œ Plasmid DNA์„ PCR์„ ํ†ตํ•ด ์ฆํญ์‹œํ‚จ๋‹ค.

    โฆIntroduction
    ์„ธ๊ท ์˜ extrachromosomal DNA์ธ plasmid๋Š” ๋…์ž์ ์œผ๋กœ ๋ณต์ œ, ๋ฐœํ˜„์ด ๊ฐ€๋Šฅํ•˜๋‹ค.

    ์ฐธ๊ณ ์ž๋ฃŒ

    ยท Biochemistry, 7th Edition / Berg, Tymoczko, Styler / W.H. FREEMAN AND CO./ 2012. 3. 6/ p. 74-75
    ยท https://commons.wikimedia.org/wiki/File:SDS-2D-skeletal.png
  • Easy Ai ์š”์•ฝ

    ์ด ๋ฌธ์„œ๋Š” Deinococcus geothermalis์˜ Ferritin ์œ ์ „์ž Dgeo_0281์„ PCR Site-Directed Mutagenesis๋ฅผ ํ†ตํ•ด ferroxidase active center์— ํ•ด๋‹นํ•˜๋Š” ์•„๋ฏธ๋…ธ์‚ฐ์„ ๋ณ€ํ™”์‹œ์ผœ ๋ฐœํ˜„๋œ ๋‹จ๋ฐฑ์งˆ์˜ ํŠน์„ฑ์„ ๋ถ„์„ํ•˜๊ณ , ์ด๋ ‡๊ฒŒ ๋ณ€์ด๋œ Ferritin์ด Oxidative stress ์กฐ๊ฑด์—์„œ ์–ด๋–ค ๋ฐ˜์‘์„ ๋ณด์ด๋Š”์ง€ ํ™•์ธํ•˜๋Š” ์‹คํ—˜ ๋ณด๊ณ ์„œ์ด๋‹ค. ์‹คํ—˜์€ ์ด 7๋‹จ๊ณ„๋กœ ์ง„ํ–‰๋˜์—ˆ๋Š”๋ฐ, ๋จผ์ € Plasmid DNA๋ฅผ ์ •์ œํ•˜๊ณ  PCR์„ ํ†ตํ•ด ์ฆํญํ•œ ํ›„ ์ œํ•œํšจ์†Œ ์ฒ˜๋ฆฌ์™ฟ’ ํ˜•์งˆ์ „ํ™˜์„ ์ง„ํ–‰ํ•˜์˜€๋‹ค. ์ด์–ด์„œ LB/LA ๋ฐฐ์ง€๋ฅผ ์ œ์กฐํ•˜๊ณ  Streaking์„ ํ†ตํ•ด single colony๋ฅผ ์–ป์—ˆ๋‹ค. ๋‹ค์Œ์œผ๋กœ IPTG๋ฅผ ์ด์šฉํ•ด Ferritin์„ over expression ์‹œ์ผฐ๊ณ , Plasmid prep๊ณผ ์ „๊ธฐ์˜๋™์„ ํ†ตํ•ด ๋ณ€์ด๋œ Plasmid DNA๋ฅผ ํ™•์ธํ•˜์˜€๋‹ค. ๋งˆ์ง€๋ง‰์œผ๋กœ H2O2๋ฅผ ์ฒ˜๋ฆฌํ•˜์—ฌ Oxidative stress ์กฐ๊ฑด์„ ๋งŒ๋“ค๊ณ  IPTG ์ฒ˜๋ฆฌ ์œ ๋ฌด์— ๋”ฐ๋ฅธ ์„ธํฌ์˜ ์ƒ์กด๋ฅ ์„ CFU assay๋ฅผ ํ†ตํ•ด ํ™•์ธํ•˜์˜€๋‹ค. ์‹คํ—˜ ๊ฒฐ๊ณผ, IPTG๋กœ Ferritin์„ over expression์‹œํ‚จ ์„ธํฌ๊ฐ€ Oxidative stress์— ๋Œ€ํ•œ ์ €ํ•ญ์„ฑ์ด ๋” ๋†’์€ ๊ฒƒ์œผ๋กœ ๋‚˜ํƒ€๋‚ฌ๋‹ค. ์ด๋ฅผ ํ†ตํ•ด Ferritin์ด ์‚ฐํ™” ์ŠคํŠธ๋ ˆ์Šค์— ๋Œ€ํ•œ ๋Œ€์‘์— ๊ด€์—ฌํ•˜๋Š” ๊ฒƒ์„ ํ™•์ธํ•  ์ˆ˜ ์žˆ์—ˆ๋‹ค.
  • ์ž๋ฃŒํ›„๊ธฐ

      Ai ๋ฆฌ๋ทฐ
      Deinococcus geothermalis์˜ Ferritin ์œ ์ „์ž๋ฅผ ๋ณ€์ด์‹œ์ผœ ๋ฐœํ˜„๋œ ๋‹จ๋ฐฑ์งˆ์˜ ํŠน์„ฑ์„ ๋ถ„์„ํ•˜๊ณ , ์‚ฐํ™” ์ŠคํŠธ๋ ˆ์Šค ์กฐ๊ฑด์—์„œ์˜ ๋ฐ˜์‘์„ ํ™•์ธํ•˜๋Š” ์‹คํ—˜์„ ์ˆ˜ํ–‰ํ•˜์˜€๋‹ค.
    • ์ž์ฃผ๋ฌป๋Š”์งˆ๋ๅฉ์˜ ๋‹ต๋ณ€์„ ํ™•์ธํ•ด ์ฃผ์„ธ์š”

      ํ•ดํ”ผ์บ ํผ์Šค FAQ ๋”๋ต–๊ธฐ

      ๊ผญ ์•Œ์•„์ฃผ์„ธ์š”

      • ์ž๋ฃŒ์˜ ์ •๋ณด ๋ฐ ๋‚ด์šฉ์˜ ์ง„์‹ค์„ฑ์— ๋Œ€ํ•˜์—ฌ ํ•ดํ”ผ์บ ํผ์Šค๋Š” ๋ณด์ฆํ•˜์ง€ ์•Š์œผ๋ฉฐ, ํ•ด๋‹น ์ •๋ณด ๋ฐ ๊ฒŒ์‹œ๋ฌผ ์ €์ž‘๊ถŒ๊ณผ ๊ธฐํƒ€ ๋ฒ•์  ์ฑ…์ž„์€ ์ž๋ฃŒ ๋“ฑ๋ก์ž์—๊ฒŒ ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.
        ์ž๋ฃŒ ๋ฐ ๊ฒŒ์‹œ๋ฌผ ๋‚ด์šฉ์˜ ๋ถˆ๋ฒ•์  ์ด์šฉ, ๋ฌด๋‹จ ์ „์žฌโˆ™๋ฐฐํฌ๋Š” ๊ธˆ์ง€๋˜์–ด ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.
        ์ €์ž‘๊ถŒ์นจํ•ด, ๋ช…์˜ˆํ›ผ์† ๋“ฑ ๋ถ„์Ÿ ์š”์†Œ ๋ฐœ๊ฒฌ ์‹œ ๊ณ ๊ฐ๋น„๋ฐ”์นด์ง€๋…ธ Viva์˜ ์ €์ž‘๊ถŒ์นจํ•ด ์‹ ๊ณ ๋น„๋ฐ”์นด์ง€๋…ธ Viva๋ฅผ ์ด์šฉํ•ด ์ฃผ์‹œ๊ธฐ ๋ฐ”๋ž๋‹ˆ๋‹ค.
      • ํ•ดํ”ผ์บ ํผ์Šค๋Š” ๊ตฌ๋งค์ž์™ฟ’ ํŒ๋งค์ž ๋ชจ๋‘๊ฐ€ ๋งŒ์กฑํ•˜๋Š” ์„œ๋น„์Šค๊ฐ€ ๋˜๋„๋ก ๋…ธ๋ ฅํ•˜๊ณ  ์žˆ์œผ๋ฉฐ, ์•„๋ž˜์˜ 4๊ฐ€์ง€ ์ž๋ฃŒํ™˜๋ถˆ ์กฐ๊ฑด์„ ๊ผญ ํ™•์ธํ•ด์ฃผ์‹œ๊ธฐ ๋ฐ”๋ž๋‹ˆ๋‹ค.
        ํŒŒ์ผ์˜ค๋ฅ˜ ์ค‘๋ณต์ž๋ฃŒ ์ €์ž‘๊ถŒ ์—†์Œ ์„ค๋ช…๊ณผ ์‹ค์ œ ๋‚ด์šฉ ๋ถˆ์ผ์น˜
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    ๋ฌธ์„œ ์ดˆ์•ˆ์„ ์ƒ์„ฑํ•ด์ฃผ๋Š” EasyAI
    ์•ˆ๋…•ํ•˜์„ธ์š”. ํ•ดํ”ผ์บ ํผ์Šค์˜ ๋ฐฉ๋Œ€ํ•œ ์ž๋ฃŒ ์ค‘์—์„œ ์„ ๋ณ„ํ•˜์—ฌ ๋‹น์‹ ๋งŒ์˜ ์ดˆ์•ˆ์„ ๋งŒ๋“ค์–ด์ฃผ๋Š” EasyAI ์ž…๋‹ˆ๋‹ค.
    ์ €๋Š” ์•„๋ž˜์™ฟ’ ๊ฐ™์ด ์ž‘์—…์„ ๋„์™ฟ’๋“œ๋ฆฝ๋‹ˆ๋‹ค.
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    - ์žฅ๋ฌธ์˜ ์ฝ˜ํ…์ธ ๋ฅผ ์‰ฝ๊ณ  ๋น ๋ฅด๊ฒŒ ์ž‘์„ฑํ•ด ๋“œ๋ฆฝ๋‹ˆ๋‹ค.
    - ์Šคํ† ์–ด์—์„œ ๋ฌด๋ฃŒ ์บ์‹œ๋ฅผ ๊ณ„์ •๋ณ„๋กœ 1ํšŒ ๋ฐœ๊ธ‰ ๋ฐ›์„ ์ˆ˜ ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค. ์ง€๊ธˆ ๋ฐ”๋กœ ์ฒดํ—˜ํ•ด ๋ณด์„ธ์š”!
    ์ด๋Ÿฐ ์ฃผ์ œ๋“ค์„ ์ž…๋ ฅํ•ด ๋ณด์„ธ์š”.
    - ์œ ์•„์—๊ฒŒ ์ ํ•ฉํ•œ ๋ฌธํ•™์ž‘ํ’ˆ์˜ ๊ธฐ์ค€๊ณผ ํŠน์„ฑ
    - ํ•œ๊ตญ์ธ์˜ ๊ฐ€์น˜๊ด€ ์ค‘์—์„œ ์ •์‹ ์  ๊ฐ€์น˜๊ด€์„ ์ด๋ฃจ๋Š” ๊ฒƒ๋“ค์„ ๋ฌธํ™”์  ๋ฌธ๋ฒ•์œผ๋กœ ์ •๋ฆฌํ•˜๊ณ , ํ˜„๋Œ€ํ•œ๊ตญ์‚ฌํšŒ์—์„œ ์ผ์–ด๋‚˜๋Š” ์‚ฌ๊ฑด๊ณผ ์‚ฌ๊ณ ๋ฅผ ๋น„๊ตํ•˜์—ฌ ์ž์‹ ์˜ ์˜๊ฒฌ์œผ๋กœ ๊ธฐ์ˆ ํ•˜์„ธ์š”
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