생물정뵖학 결과보고서

01. 실험목적
- 생물정뵖학 학문을 이해하고 Tool 사용법을 익히며 이를 이용하여 미지의 유전자를 데이터베이스에 대조하고 어떤 서열인지 탐구한다 또한 단백질 서열의 서열 유사성을 비교해보고 DNA 및 단백질 서열 기반 생물 계통수를 그려본다
02 . 실험이론
1. 생물정뵖학 생명공학과 정보학의 합성어로 생물학 분야의 해석을 통계학과 컴퓨터 시스템의 도움을 받는 방식의 학문이다
2. 생물정뵖학 Tool
1 ) BLAST : B asic Local Alignment Search Tool Tool의 약자로 22개 이상의 핵산 서열이나 아미노산 서열이 서로 얼마나 비슷한지 비교하는 용도로 사용한다 또한 뉴클레오타이드 서열이나 아미노산 서열이 서열 데이터베이스에 저장된 서열과 일치하는지 비교하고 통계적 유의성을 계산하는 용도로 사용한다. 분석과정으로는 서열의 L ocal 정렬을 수행한다 대부분의 단백질은 모듈식이며 하나 이상의 기능성 도메인이 단백질 내 발생하므로 동일한 도메인이 다른 종의 단백질에서도 발생할 수 있다 BLAST 알고리즘은 이러한 도메인 또는 더 짧은 서열 유사성을 찾기 위해 알고리즘이 설정되어 있다 블라스트의 종류는 크게 뉴클레오타이드 단백질 번역 게놈 타입으로 나뉜다
2) BLOSUM : Blocks Substitution Matrix Matrix의 약자로 단백질의 서열 정렬에 사용되는 치환 행렬이다
한 아미노산이 다른 아미노산으로 바뀔 가능성 즉 두 아미노산의 유사성을 나타내며 아미노산 사이 생물학적 화학적 관계를 반영해 점수를 매긴다 BLOSUM 점수행렬에서 양의 수는 두 아미노산이 서로 잘 바뀔 수 있는 경우를 음의 수는 서로 잘 바뀌지 않는 경우를 의미한다 점수가 높을수록 homologyhomology가 더 있다고 볼 수 있다
3) MSA : M ultiple Sequence Alignment Alignment의 약자로 다중서열정렬이라 한다. D NA 또는 R NANA의 서열을 이용하여 33개 이상의 생물 종 서열을 정렬하는 방법으로 일반적으로 생물학적으로 관련된 33개 이상의 서열 homologyhomology를 이용하여 정렬한다