람다 파지 DNA 관찰, PFU test 및 Optical mapping_서강대학껓 바이오융합기술프로젝트1 레포트

Purpose
이번 실험은 DNA damaging을 이해하기 위한 첫 단계로서 bacteriophage를 이용하여 PFU test를 진행하고, 이 phage로부터 DNA를 추출하여 DNA observation을 한다. 또한 이 phage DNA에 restriction enzyme을 처리하고 이를 관찰하는 optical mapping을 진행하는 것이 목적이다.

Introduction
Enterobacteria phage λ(λ phage)는 E.coli를 host로 사용하는 bacterial phage로, capsid 구조를 이루고 있는 head, tail, tail fiber로 구성되어 있는 nonenveloped virus이다(Fig 1.). Head는 dsDNA가 보관되어 있으며, the phage particle이 recognizes and binds to its host, E.coli를 인식하고 부착한 다음, E.coli의 cytoplasm으로 이 dsDNA를 eject함으로써 infection이 일어나게 된다. E.coli 내부로 들어온 phage DNA는 두 가지 life cycle이 있는데, lytic cycle꽈 lysogenic cycle이 그것이다(Fig 2.). Lytic cycle은 host cell 내부에서 λ DNA가 replicated되고 새로운 phage particles가 만들어지고, DNA왿� phage particles가 assembled되어 새로운 virion들이 생성되면 이 virion들이 cell lysis를 일으켜 세포 밖으로 방출되어 virion들이 새로운 host cell을 찾아가는 cycle이다. Lysogenic cycle은 특정한 환경 하에서, phage DNA가 replicated되지 않고 host cell chromosome에 integrated되는 cycle을 말한다. 이 상태의 λ DNA는 prophage라고 불리며, 이는 host cell에 피해를 끼치지 않는다.