Exp.3. DNA mini prep

Introduction
Minipreps of plasmid DNA(플라스미드 DNA분��)
Bacteria cells로부터 plasmid DNA를 소량으로 분리하는 방법은 대단히 많지만 성공률과 속도를 생각하여 세가지 방법을 소개하면 boiling method, lithium-based procedure 그리고 Alkaline lysis prep이다.
(1) Boiling miniprep : plasmid를 지닌 bacteria는 lysozyme, Tliton(a nonionic detergent), 열처리 등으로 깨어질 수 있다. chromosomal DNA는 세포막에 결합된 상태로 남아있게 되고 원심분리로서 침전시켜 모을 수 있으며 plasmid DNA는 상등액에서 isopropanal(Homes and Quigley, 1981)로 침전시켜 분리할 수 있다. boiling miniprep는 적은양의 plasmid분리할 때 쓰이는 방법이지만 분리된 plasmid DNA는 alkaline lysis miniprep보다 quality가 떨어진다.
(2) Lithium miniprep :plasmid DNA는 평판 또는 액체배지에서 배양되는 E. coli로부터 획득할 수 있는데, bacteria cells은 Triton X-100/LiCl과 phenol/chloroform을 처리해야 한다. 이것은 plasmid DNA의 가용성화왿� chromosomal DNA, cellilar debris 등에 침전을 일으킨다. debris는 원심분리를 통해 제거할 수 있다. 이러한 분리절차로 chromosomal DNA등을 제외한 plasmid DNA만을 얻을 수 있다. 분리방법은 가장 빠르게 plasmid DNA를 분리하는 방법이며 대부분의 생물학적 적용면에 이용할 수 있는 정제된 plasmid DNA를 분리할 수 있다.
(3) Alkaline lysis miniprep : alkaline lysis procedure (Bimboim, Doly, 1979)은 가장 일반적으로 쓰이는 분리방법이다. plasmid DNA는 plasmid을 지니고 있는 bacteria에서 적은 양의 배양으로 분리될 수 있다. Bacteria는 sodium dodecyle sulface(SDS) NaOH을 함유하는 용액으로 처리하여 용균되어 진다. (여기서 SDS는 bacteria proteins을 변형시키며 NaOH는 chrosomal DNA왿� plasmid DNA를 변성시킨다.) 다음 potassiom acetate를 첨가하여 혼합액을 중성화시키는데 이것은 covalently closed plasmid DNA를 빠르게 reanneal 시킨다. chromosomal DNA왿� bacteria proteins의 대부분은 침전되며(SDS는 potassium과 화합물을 이룬다.) 침전물은 원심분리로서 제거할 수 있다. plasmid DNA는 상등액에 남아있게 되고 ethanol precipitation으로 집중시킬 수 있다.