Gaussian 과 HyperChem을 이용한 형광을 내는 단백질에 대한 분석

1. 실험 제목 : 벤젠고리를 가진 아미노산들의 UV Spectrum의 측정과 비교.
3. 실험 날짜 : 2008년 9월 22일 – 2008년 10월 13일
4. 실험 목적 :
Hyperchem과 Gaussian프로그램을 이용하여서, 실제의 현상들을 설명하여 보거나 새로운 현상을 예측하여 본다. 위의 주제에서는 방향성을 가지는 아미노산들의 UV-spectrum이 어떻게 나오는지 시뮬레이션을 통해서 얻어보고 실제의 데이터왿�의 비교를 하여본다.

5. 배경 지식 :
아미노산-
아미노산은 한 분자 안에 아미노기왿� 카르복시기를 모두 가지는 유기 화합물을 일컫는다. 아미노기왿� 카르복시기가 모두 같은 탄소원자에 붙어서 아미노산을 형성하게 된다. 분자식은 R-CHNH2-COOH로 이루어진 분자이다. 가장 처음 발견된 아미노산은 아스파라긴으로 1806년 프랑스 과학자 보클랭과 로비케가 아스파라거스의 싹에서 새로운 결정을 분리시켜 얻었다. 이후 약 100년에 걸쳐서 22가지의 아미노산이 발견이 되었고, 현재 약 80종류의 아미노산이 밝혀져 있다. R기의 치환에 의해 다양한 아미노산이 만들어 질 수 있지만, 우리에게 가장 중요한 아미노산들은 생물을 구성하는 아미노산들이 된다. 과학자들은 생물에서 가장 발견빈도가 높은 단백질 20가지를 따로 분류하였다.
특이한 아미노산들.
생물체에서 주로 발견되는 아미노산 중, 특별히 벤젠고리를 가지고 있는 형태의 아미노산이 존재한다. Tryptophan, Phenylalanine, Tyrosine이 그것들이다. 다른 단백질들과는 달리 벤젠의 공명구조를 가지고 있다. 일반적으로 다른 단백질들의 UV/Vis spectrum의 강도는 매우 약하거나 작아서 확인이 되지 않지만, 이들 세 아미노산들은 벤젠 고리의 공명구조를 가지고 있기 때문에 UV/Vis spectrum에서 몇 개의 피크를 나타냄을 알 수 있다.